Háskólinn á Bifröst er sjálfseignarstofnun. Stjórn skólans, sem hefur yfirumsjón og eftirlit með öllum málefnum hans er skipuð fulltrúum Borgarbyggðar, Háskólaráðs Háskólans á Bifröst, Hollvinasamtaka Bifrastar, Sambands íslenskra samvinnufélaga svf., og Samtaka atvinnulífsins. Sömu aðilar skipa fimmtán manna fulltrúaráð sem fundar einu sinni á ári og hefur æðsta vald í málefnum skólans.
Háskólastjórn ræður rektor til starfa og ákvarðar um starf hans. Hún setur skólanum reglugerð og gerir breytingar á henni, afgreiðir rekstraráætlun og ársreikning skólans og lætur gera ráðstafanir til að tryggja nauðsynlegt rekstrarfé.
Rektor ber ábyrgð á daglegri stjórn skólans. Hann situr fundi háskólastjórnar með málfrelsi og tillögurétti. Rektor kemur fram fyrir hönd skólans gagnvart starfsmönnum og nemendum og út á við. Rektor ber ábyrgð á því gagnvart stjórn að starfsemi skólans sé í samræmi við skipulagsskrá hans og reglugerð.
Háskólaráð er æðsta vald í innri málum háskólasamfélagsins. Rektor er formaður þess. Fagráð hefur umsjón með akademísku starfi skólans undir stjórn aðstoðarrektors.